La società nasce nel dicembre 1998, grazie ad un gruppo di appassionati di basket quali Andrea Bellifemine, Pietro Stoia, Leonardo Scardigno e Pinuccio Facchini.

Esordisce nel campionato di Promozione maschile nella stagione 1999-2000, con 21 successi in 22 incontri record per Coach Andrea Bellifemine ritornato a Molfetta insieme a Leonardo Scardigno per dar vita ad una nuova realtà cestistica locale dopo la fusione e la svendita del titolo a Ruvo, ma viene sconfitta nella finale play-off contro l’Olimpia Altamura.

Nella stagione successiva la Virtus affidata a Coach Alessandrini riesce ad essere promossa in serie D, sconfiggendo la Fortitudo Trani in finale. I progetti si fanno via via più ambiziosi, e il torneo di serie D, nell’anno 2001-2002, è subito positivissimo: 3° posto finale e qualificazione ai play-off promozione, dove la Virtus viene eliminata in semifinale dall’Olimpia Brindisi sul campo neutro di Gioia del Colle. La fortuna aiuta gli audaci: in estate, per la riforma dei campionati di B2 e C1 la società molfettese viene ripescata in serie C2 disputa un bel campionato di centro-classifica disputato nello storico ed accogliente Palasport di Via Giovinazzo con un roster che ricordiamo: Gesmundo Giovanni, Ranieri Sandro, Biasi Massimiliano, Pugliese Dionisio, De Gennaro Domenico, Lombardi Veneziano Vincenzo, Lotito Pierluigi, Nero Nicola, Coach Gianni Alessandrini. Dopo un solo campionato di serie C2, siamo nell’agosto 2003 la Virtus Basket Molfetta si fonde con la Nuova Basket Taranto 2000 dando vita alla "Nuova Virtus Molfetta".

Agosto 2003 visti i tempi ristretti il mercato chiudeva a giorni il Presidente Andrea Bellifemine affidava l’incarico a coach Sergio Carolillo suo vecchio pallino, finiva l’era Alessandrini che aveva condotto la Virtus dalla promozione alla C2 e iniziava l’era Carolillo, mercato quasi chiuso la società e il Coach Carolillo visti i tempi così limitati promuove quasi il roster della C2 tranne qualcuno e inserendo Auricchio, Urbano, Colucci, Piroddù, Rosito dopo un ottimo girone d’andata, ottiene una comoda salvezza al primo turno dei play-out contro il Casagiove.

Estate 2004 Virtus, targata ancora Centro Auto Ford, si trova ad affrontare la seconda stagione di C1 ma con nuove ambizioni. Accanto ai confermati Colucci, Rosito, Gesmundo, De Gennaro e Biasi, arrivano Teofilo, Gramajo, Baroncini, Cozzolino, Ostuni, e Iannone. Il coach è ancora Sergio Carolillo, affiancato da Pasquale Facchini e Ilario Azzollini. Obiettivo dichiarato qualificazione ai play-off promozione, in effetti è così si è eliminati dalla Granoro Corato che pur perdendo la finale con l’Ostuni viene comunque ripescata in B2.

Stagione 2005-2006 altro campionato di C1: OBIETTIVO VINCERE. Arrivano alla corte di Patron Bellifemine, Andrea Maggi, Roberto Filianoti, Luca Tommasini, Federico Varisco, Marco Verrigni, Arcangelo Leo oltre ai confermati Teofilo e Gesmundo. Squadra sempre targata Centro Auto Ford e l’8 Giugno 2006 in una torrida serata davanti a circa 2500 spettatori IL SOGNO DIVENTA REALTA’ battendo il G.S Massafra dopo un tempo supplementare in gara 5 della finale Play-Off , Coach Carolillo ed i suoi ragazzi porta Molfetta nella storia: la Nuova Virtus Molfetta è in B2! Caroselli di auto in giro per la città, tifosi per le strade coreografie bianco-blu insomma il sogno diventa realtà.

Estate 2006 dopo i festeggiamenti per la meritata promozione in serie B2, la triade Bellifemine-Scardigno-Carolillo deve allestire un roster di tutto rispetto per ben figurare e salvarsi nel difficile campionato di B2 ricordando che il campionato 2006-2007 era l’anno delle 5 retrocessioni ultimo anno della B2 a 16 squadre con 5 senior e 5 under, insomma esordio difficile nel primo campionato di B2. Del roster vincente di C1 rimasero solo Capitan Teofilo affiancato da Maggi, Leo e l’under Filianoti. Il mercato estivo porta alla Virtus il cecchino Bigi, il gigante Storchi, e gli under Paganucci, Nord, Torresi, Braidot e nel mercato di riparazione dopo l’infortunio al ginocchio di Storchi il pivot Ciavolella. Dopo un inizio arrembante e trionfante che vede la Virtus Molfetta non solo salvarsi subito ma entrare nei play-off promozione per la B1 e dopo aver sconfitto la bestia nera Granoro Corato ai quarti, viene eliminata alle semifinali dalla Mach 20 Potenza squadra che poi approderà in B1 battendo il Ruvo in finale.

Estate 2007 secondo campionato di B2 la Triade Bellifemine-Scardigno-Carolillo affiancata da Luigi Lonardelli allestiscono un roster per fare i play-off da protagonista: arrivano in casa Virtus il funambolico Scorrano, Labate, Parrino, Capitanelli, Ungaro, Grillo confermando il nucleo storico Teofilo, Maggi, Leo più Storchi. Lasciano la Virtus Bigi, Ciavolella, Filianoti, Nord, Braidot e Paganucci. Campionato impeccabile per i Carolillo Boys regular season condotta dall’inizio alla fine in testa chiudendo il campionato con ben 40 punti. I giochi play-off iniziano subito contro il Palermo battuti 2-0. In semifinale il forte Catanzaro da filo da torcere a Carolillo & soci cedendo solo in gara 5 per 3-2. I giochi finali danno i favori del pronostico alla Virtus ma così non è. Ostuni non da scampo agli uomini di Carolillo che le tenta tutte ma ne esce sconfitto per ben 3-0 di cui 2 sconfitte a domicilio. Disfatta o il duo Morena-Avenia troppo forte per Teofilo & soci? Onore ai Vincitori. Ostuni ha vinto con merito o Teofilo & soci hanno dato molto nel tour delle 5 gare di fuoco con il Catanzaro? La Verità s ta sia da una parte che dall’altra. Rifondazione totale o salvare qualcuno o Era Carolillo Finita?

Giugno 2008 tutti critici verso la Società di Via Margherita di Savoia, tutti allenatori... tutti dirigenti... tutti megaesperti di mercato... si aspettavano che la Triade Bellifemine-Scardigno-Carolillo finisse ma ancora più forte di prima Presidente Bellifemine e General Manager Scardigno insieme a Carolillo Coach di tante battaglie e di tanti successi e trionfi decidono di continuare insieme per una rifondazione quasi totale in maglia bianco-blu restano solo Andrea Maggi, Lillo Leo e Flavio Parrino. Lascia purtroppo per sua scelta Capitan Teofilo bandiera insostituibile uomo di mille battaglie, ragazzo straordinario e ci sarebbe tanto altro da dire per approdare nella vicina Ruvo. Arrivano così in casa Virtus Francesco Longobardi, Lorenzo Di Marcantonio, Patrick Nanut, Roberto Simeoli, Milos Stijepovic, Dario Puglia. Luglio caldo diremo anzi bollente perché fra botti di mercato e voci di corridoio Ripescaggio SI, Ripescaggio NO, si vive un periodo di attese e di speranze ma Lunedì 14 Luglio 2008 ore 11 circa (come cita la storia se ricordate la presa della Bastiglia) il settore Agonistico Federale comunica personalmente al Presidente Andrea Bellifemine l’avvenuto ripescaggio in serie A dilettanti insieme al Cagliari. Nel decennale dalla sua fondazione la Virtus Molfetta approda in serie A dilettanti in un campionato difficile, oneroso e pieno di insidie come sempre Carolillo & soci diranno la loro gli avversari sono avvisati...